防疫預算需要考量到必要的醫療檢疫支出與疫苗支出，此外產業之間的補助與緊急用途，無法以平均除以人數的方式進行分配。
防疫經費主要來源為8,400億之「中央政府嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別預算」，無論是特別預算或一般公務預算，均經過立院審議與監督，並無防疫預算暴增情事。